بیماری های سیستمیک بیماری هایی هستند که اعضاء مختلف بدن را گرفتار می کنند . این نوع بیماری ها در شیرخواران ممکن است وجود داشته باشند و برخی از آنها بیماریهای عفونی و نیز بیماری های متابولیک می باشند که چشم را هم گرفتار می کنند. بیماری های متابولیک بیماری هایی هستند که در آنها مواد شیمیایی که در بدن تولید شده و یا موادی که وارد بدن می شوند از بدن دفع نشده و در بافتهای مختلف بدن انسان تجمع پیدا می کند. وجود این مواد در بدن با آزمایش خون و ادرار در برخی موارد قابل تشخیص است.
برای تشخیص این بیماری ها علاوه بر آزمایشاتی که انجام می شود، می کند باید معاینه چشم انجام شود.
چشمها محیطی شفاف دارند و از این طریق می توان قسمتهای پشتی چشم را که مرتبط با مغز است مشاهده نمود. رسوب مواد متابولیک معمولا در مغز و سایر اعضای بدن دیده می شود ولی در قرنیه و شبکیه چشم قابل مشاهده است. عفونتهای مادر زادی می تواند اعضای مختلف بدن را گرفتار ولی در قرنیه و عدسی و شبکیه چشم عوارض آنها قابل مشاهده است.
هنگامی که به بیماری های متابولیک یا عفونی در دوران شیرخوارگی مشکوک هستیم و نیز برخی بیماری های دیگر که در سنین بالاتر با علائم چشمی همراه است متخصص کودکان با متخصص چشم مشاوره می کند و یک معاینه کامل چشم از قسمتهای جلوی چشم یعنی قرنیه و عدسی با دستگاه اسلیت لمپ و معاینه پشت چشم یعنی شبکیه و عصب بینایی با افتالموسکوپ توسط چشم پزشک و دیدن علائم آن بیماری های سیستمیک، متخصص کودکان را در تشخیص کمک می کند.
همچنین معاینه چشمها توسط متخصص چشم می تواند به متخصص کودکان در ادامه درمان و تجویز دارو کمک کند. برخی داروها مثل داروهای ضد تشنج و ضد روماتیسم در چشم تغییراتی ایجاد می کند که با بررسی آنها می توان به متخصص کودکان اطلاع داد که دارو از حد مجاز گذشته است تا دارو را کم یا قطع نماید.